1.医疗事故技术鉴定的威信低
从法律上看医疗事故鉴定和司法鉴定都是证据的一种，但是经过法庭质证，不存在谁优越于谁。但是在司法实践的过程中，司法鉴定与医疗事故鉴定结论不一致时，法院往往会采纳司法鉴定而不是医疗事故技术鉴定，所以医疗事故鉴定在诉讼过程中没有威信地位也很低。
2.部分医疗事故鉴定不客观、不公正
现行医疗事故鉴定委员会鉴定是公正客观的，但是也有部分受到了行政干扰，受到了人为因素的影响，例如为了稳定患者不闹事，鉴定组会提前定调“必须定为医疗事故”。或者会下达某领导指示施压或者主持者一人定调，或是一位专家一言堂。再者为了平衡患者的情绪，经常把医医院管理上的问题混淆到一起，“不构成医疗事故，但有管理上的问题……”为此导致鉴定结论不公正、不客观等很多问题。
3.按照国务院颁布的《医疗事故处理办法》中明确规定医疗事故鉴定分为县、市、省三级鉴定来组织，但是我国因为地区不同，医疗水平发展也受到了不同影响。很多情况是因为鉴定人员不了解不熟悉新技术、新手术，因而无法做出客观、科学、全面、让人信服的鉴定结论。
